单细胞研究水稻（单细胞研究技术）
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1、干货满满 | 植物单细胞测序应用方向大盘点,抓紧上车啦!
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从是否关心内部结构来看（1）白盒测试：又称为结构测试或逻辑驱动测试，是一种按照程序内部逻辑结构和编码结构，设计测试数据并完成测试的一种测试方法。
2、研究思路 | 且看植物叶片单细胞研究套路
受实验技术和Markers的限制，目前植物单细胞的研究更多集中于根，但随着原生质体制备难题的突破，植物叶片的单细胞研究逐渐增多，目前已有多篇植物单细胞文章发表于Developmental Cell、Molecular Plant、Plant Biotechnology Journal等高水平期刊上。
该文章虽然仅用2例水稻胚根的样本开展研究，但将单细胞转录组和单细胞ATAC的数据结合起来，从多组学的角度讨论植物器官发育的分子机制，这是未来单细胞发展的重要趋势。
单细胞测序的思路可以分为以下几个步骤：单细胞分离：单细胞测序需要首先将样本中的单个细胞分离出来，可以通过流式细胞分选、微流控芯片等技术实现。细胞裂解：将单个细胞进行裂解，释放其中的RNA、DNA等分子。
它们决定了研究的质量和成果。因此正确掌握研究思路与方法是科学研究成功的关键。首先，研究思路和方法对于科学研究来说至关重要。
3、【文献阅读】水稻全苗单细胞转录组图谱
植物单细胞转录组报道已经实现了一些植物特定组织的单细胞转录组图谱构建，但大多数研究集中于拟南芥，并且也在特定的组织，比如根，叶等。目前水稻的单细胞转录组研究则也是主要集中于根部。
以获得的27，469个高质量单细胞转录组数据构建了水稻胚根细胞图谱，通过细胞聚类及注释分析，利用UMAP可视化，将这些细胞划分为21个不同的细胞类群，涵盖水稻根表皮、外皮层、厚壁组织、皮层、内皮层、中柱鞘、分生组织、维管组织等细胞类群。
通过ATAC-seq和sc RNA-seq关联分析，阐明了细胞分化的转录因子调控机制；通过拟南芥根尖和水稻根尖的转录组图谱和标记基因分析，揭示了双子叶植物和单子叶植物根发育途径的保守性和差异性。
然后通过流式细胞仪进入10xGenomoics系统制备文库，然后利用Illumina平台测序，分析了来自三个独立重复的12525个单细胞，检测了28899个基因的表达， 与普通转录组的基因表达检测情况相当。
4、研究进展 | 植物单细胞文章及其思路集锦
该文章虽然仅用2例水稻胚根的样本开展研究，但将单细胞转录组和单细胞ATAC的数据结合起来，从多组学的角度讨论植物器官发育的分子机制，这是未来单细胞发展的重要趋势。
受实验技术和Markers的限制，目前植物单细胞的研究更多集中于根，但随着原生质体制备难题的突破，植物叶片的单细胞研究逐渐增多，目前已有多篇植物单细胞文章发表于Developmental Cell、Molecular Plant、Plant Biotechnology Journal等高水平期刊上。
植物的单细胞图谱构建的两大挑战，其中之一就是原生质体的制备，文章采用5-10mm阶段的玉米穗，这个阶段决定了整个穗的发育，包括分生组织的起始，维持和终止以及器官发育的规格等。
拟时序分析是指根据细胞之间表达模式的相似性对单细胞沿着轨迹进行排序，以此推断出发育过程中细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程。
摘要 概述水分亏缺、重金属和营养缺乏等对植物所产生的胁迫表现及其与细胞壁伸展生 长、细胞壁中某些主要成分如过氧化物酶和松弛酶等变化关系的研究成果。多种胁迫对植物 细胞壁的影响主要表现在对细胞壁结构完整性的影响。
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